Sip, haces lo correcto, los archivos deben estar en utf8 para que te los lea bien. Lo otro que puedes hacer es poner el tipo de de la cabecera como ISO-8859-1/ISO.8859-15 (depende en qué estén los archivos). Aquí puedes tener un problema con cómo se guardan los datos en la mysql, pero por probar. :)

Por cierto, para linux hay un comando para pasar todos los archivos de un directorio a utf8 de una sola vez. Voy a buscar cual es y te lo posteo.

El programita de linux se llama recode, y puedes ejecutarlo si tienes linux en tu ordenador o en tu servidor por ssh para cambiar todos los archivos php así:

find . -name *.php -exec recode -d ISO-8859-1..UTF-8 '{}' ;

antes debe estar instalado el programa:

sudo apt-get install recode

Para hacerlo en un solo directorio sin los subdirectorios con esto te valdría

convmv --notest -r -f iso-8859-1 -t utf-8 *

No uso windows, así que no sé si se podrá hacer con alguno.

Otra forma que se me ha ocurrido es que en el opencart, para no cambiar todo y seguir manteniendo los ficheros y la cabecera como los tienes es usar el buffer de salida y cambiarlo cuando se vaya a mostrar, una cosa así:

Al principio del index.php

<?php ob_start(); // Se guarda en el buffer en vez de enviar la salida ?>

Y al final del index.php

<?php utf8_encode( ob_get_clean() ); // Aquí se convierte a utf8 y se muestra toda la salida ?>

* Esto, si no se llama siempre al index.php te puede dar algún problema, en caso contrario debería funcionar bien.

Espero que te sirva.