Hola!
Mirando por internet me encuentro con este articulo en que comentan que se debe instalar todo bajo la carpeta root, para que no haya contenido duplicado y no afecte al posicionamiento.
el enlace donde hablan del tema: En ingles (original) y traducido.

Yo utilizo Joomla , lo tengo instalado bajo una subcarpeta y no en el directorio principal del server, lo que pasa que luego tengo cambiado el directorio raiz por medio de una opcion que me da el panel del server donde estan alojados, que me los reenvia a su dominio principal "www.dominio.com" . Y segun el articulo lo que yo hago afecta al posicionamiento.

Como lo teneis vosotros?
Alguien que entienda del tema me puede aclarar si eso que comentan en el articulo es verdad? Es preferible instalarlo en el root ??

PS: Otra cosa sobre el posicionamiento que me gustaria saber es si afecta el tener el dominio con habilitado solo para " www." o "sin www", o ambas cosas. Yo lo tengo que se pueda teclear con ambas direcciones.
WWW