La unica diferencia radica en el nombre del dominio por ejemplo juegos.es/juegos.com.es, de ahi deducimos la minima complejidad de los .com.es frente a los .es al ser una extension compuesta y no tan usual. Cosa que en cierto modo biene dada por la mayoria de los usuarios que prefierene la sencillez del .es.

En mi opinion los dominios de segundo nivel territoriales son simplemente una alternativa para que aquellos particulares, entidades y demas puedan tener una alternativa por si el .es estuviera ya registrado.

Un ejemplo de .com.es: <a href="http://www.fhm.com.es">www.fhm.com.es</a>