No se si es posible o no... pero me suena que antes funcionaba de una forma y ahora de otra.
Si yo redirijo con Mod Rewrite de midominio.com/15 a midominio.com/contenido/noticia.php?15, en la barra de direcciones se debería mostrar la dirección bonita o la real? Creo que antes se veia la facil, pero no se si es sugestion... si es así, ¿como se cambia?
Vale, solucionado... por si a alguien le pasara en un futuro,
en el htaccess tienes que poner la direccion de destino con /destino.php, no tienes que poner www.midominio.com/destino.php porque cree que es otro dominio y te redirige.